結論から言うと、犯人はWindows Vista以降で導入されたVirtualStoreという仕組みでした。 Windows Vista以降ではファイルに対して書き込みができない時に、「書き込めませんでした」というエラーを出す代わりに「C:\Users\ユーザ名\AppData\Local\VirtualStore」っていうフォルダの中にファイルを書き出すアプリケーションがあるみたいなんですね。