ffmpeg -i input -vf crop=w=100:h=100:x=0:y=0 output

nフレーム目は n ピクセル横にずれる。つまり1コマずつ1ピクセルシフト。

ffmpeg -i input -vf crop=w=100:h=100:x=n output

crop=iw/2:ih:iw/2:0